Op 8 januari 2013 ging AGOVV Apeldoorn failliet, alle uitslagen tot op dat moment werden geannuleerd.
Op 25 maart 2013 ging SC Veendam failliet, alle uitslagen tot op dat moment werden geannuleerd.
FC Volendam, Sparta Rotterdam, Helmond Sport en MVV Maastricht plaatsten zich voor de 2e ronde van de Play-Offs voor promotie/degradatie.
Go Ahead Eagles, Fortuna Sittard, De Graafschap en FC Dordrecht plaatsten zich voor de 1e ronde van de Play-Offs voor promotie/degradatie.
Nederlandse Jupiler League 2012/2013
| Pos | Club | Opmerking | Kleur |
|---|---|---|---|
| 1 |  SC Cambuur | Eredivisie 2013/2014 | #4eee37 |
| 2 |  FC Volendam | 2e Ronde Play-Offs | #159ff2 |
| 3 |  Sparta Rotterdam | 2e Ronde Play-Offs | #159ff2 |
| 4 |  Helmond Sport | 2e Ronde Play-Offs | #159ff2 |
| 5 |  MVV Maastricht | 2e Ronde Play-Offs | #159ff2 |
| 6 |  Go Ahead Eagles | 1e Ronde Play-Offs | #15f2ed |
| 7 |  Fortuna Sittard | 1e Ronde Play-Offs | #15f2ed |
| 8 |  De Graafschap | 1e Ronde Play-Offs | #15f2ed |
| 9 |  FC Dordrecht | 1e Ronde Play-Offs | #15f2ed |
| 10 |  TOP Oss | - | - |
| 11 |  FC Den Bosch | - | - |
| 12 |  FC Emmen | - | - |
| 13 |  Almere City FC | - | - |
| 14 |  SC Telstar | - | - |
| 15 |  SBV Excelsior | - | - |
| 16 |  FC Eindhoven | - | - |
| 17 |  AGOVV Apeldoorn | Opgeheven | #808080 |
| 17 |  SC Veendam | Opgeheven | #808080 |