Dynamo Dresden en FC Erzgebirge Aue zijn gepromoveerde naar de Duitse 2. Bundesliga 2016/2017.
FC Würzburger Kickers is geplaatst voor de Duitse Play-Offs 2/3 2015/2016.
Stuttgarter Kickers, FC Energie Cottbus en VfB Stuttgart II zijn gedegradeerd naar de Duitse Regionalliga 2016/2017.
Duitse 3. Liga 2015/2016
| Pos | Club | P | W | D | L | F | A | GD | Pts |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |  Dynamo Dresden | 38 | 21 | 15 | 2 | 75 | 35 | 40 | 78 |
| 2 |  FC Erzgebirge Aue | 38 | 19 | 13 | 6 | 42 | 21 | 21 | 70 |
| 3 |  FC Würzburger Kickers | 38 | 16 | 6 | 6 | 43 | 25 | 18 | 64 |
| 4 |  1. FC Magdeburg | 38 | 14 | 14 | 10 | 39 | 27 | 12 | 56 |
| 5 |  VfL Osnabrück | 38 | 14 | 14 | 10 | 46 | 41 | 5 | 56 |
| 6 |  Chemnitzer FC | 38 | 15 | 10 | 13 | 52 | 46 | 6 | 55 |
| 7 |  SG Sonnenhof Großaspach | 38 | 14 | 12 | 12 | 58 | 47 | 11 | 54 |
| 8 |  FC Rot-Weiß Erfurt | 38 | 14 | 8 | 16 | 47 | 50 | -3 | 50 |
| 9 |  SC Preußen Münster | 38 | 12 | 13 | 13 | 43 | 41 | 2 | 49 |
| 10 |  FC Hansa Rostock | 38 | 12 | 13 | 13 | 42 | 48 | -6 | 49 |
| 11 |  SC Fortuna Köln | 38 | 14 | 7 | 17 | 56 | 69 | -13 | 49 |
| 12 |  1. FSV Mainz 05 II | 38 | 12 | 12 | 14 | 48 | 47 | 1 | 48 |
| 13 |  Holstein Kiel | 38 | 12 | 12 | 14 | 44 | 47 | -3 | 48 |
| 14 |  Hallescher FC | 38 | 13 | 9 | 16 | 48 | 48 | -4 | 48 |
| 15 |  VfR Aalen | 38 | 10 | 14 | 14 | 35 | 40 | -5 | 44 |
| 16 |  SV Wehen Wiesbaden | 38 | 9 | 16 | 13 | 35 | 48 | -13 | 43 |
| 17 |  SV Werder Bremen II | 38 | 11 | 10 | 17 | 42 | 56 | -14 | 43 |
| 18 |  Stuttgarter Kickers | 38 | 11 | 10 | 17 | 38 | 52 | -14 | 43 |
| 19 |  FC Energie Cottbus | 38 | 9 | 14 | 15 | 32 | 52 | -20 | 42 |
| 20 |  VfB Stuttgart II | 38 | 7 | 10 | 21 | 38 | 63 | -25 | 31 |